El Sistema de Bibliotecas de la Universidad Pontificia Bolivariana cuenta con una colección patrimonial conformada por materiales antiguos, raros, curiosos, y/o que por su valor histórico, científico, institucional o cultural son susceptibles de conservación y preservación permanente. Está conformada por diferentes fondos, entre los bibliográficos se destacan las colecciones Belisario Betancur y Patrimonio Bibliográfico; en ambas se conservan materiales que datan de 1522, ediciones facsimilares autenticadas, prensa nacional desde la segunda mitad del siglo XX, además de libros con llamativas marcas de procedencia, exlibris y otras características que los convierten en ejemplares únicos. Además, se cuenta con la Planoteca Federico Vásquez Uribe, donada por el mismo arquitecto a la Universidad y en la cual se incluyen proyectos arquitectónicos de gran importancia en el ámbito local y nacional.

Finalmente, la Universidad se ha convertido en tenedora de una colección conformada por aproximadamente 320 piezas prehispánicas provenientes de nueve regiones culturales de Colombia, con un promedio de antigüedad de dos mil años. Esta colección cuenta con diferentes tipologías de acuerdo a su morfología, como cuencos, vasijas, urnas, figuras y ánforas, en su mayoría de carácter funerario. Esta colección se encuentra en proceso de identificación, clasificación y registro ante el Instituto Colombiano de Antropología e Historia -ICANH-.